当機構では、平成17(2005)年度より大学を構成員とする会員制度が発足しました。平成23(2011)年からは短期大学も対象にしています。
大学間相互の協力体制のもと、大学等の質の保証、質の向上を図るための認証評価を実施することを目的としています。会員校には、アンケート調査をはじめ、各種イベントでの意見交換などを通じて当機構の運営等についての意見・要望をいただくなど、多大なご協力を得ています。当機構は会員校に対し、評価充実協議会をはじめとする評価に関わる各種イベントの案内、各種刊行物の送付、メールマガジンの配信などを行っています。